萌脸大撞击除了趣味性十足的玩法和讨喜的画风之外，该作在剧情上也是非常的出色，故事发生在三国时候，玩家们会以第一人称扮演天子的兄弟，收到天子的指令而不停的完成任务，但是在这些过程中日益发现事情的真相并不是那么简单，挟天子以令诸侯的曹操真的是幕后元凶么，还是有更大的阴谋呢。
序幕： 吕布带着董卓在神秘好友的帮助下秘密逃出司隶，被紫虚上人召出的幻象拦住去路，一阵缠斗后，被紫虚上人意外的放跑了。 自此，夺魂药的秘密流传出了闭锁的司隶，各方势力蠢蠢欲动，乱世之争拉开序幕。
青州之战： 偏安青州的你突然收到天子密旨求助，请求你帮他清剿黄巾反贼。你念及兄弟情谊，立刻动身踏上征程。 清剿十分顺利，只是那些黄巾头目都用术法逃离了，并且还留下了一些似是而非的话，让你隐约觉得事情好像变复杂了。
兖州之战： 你又一次收到天子指示，去击败试图攻入司隶的董卓军。你在吃惊于当前时局已经乱到有人敢公然进攻司隶之余，还对天子突然接二连三的旨意觉得有些困惑。 但是你依然相信自己的弟弟。 一到兖州你就遇到了癫狂的董卓，从他混乱的词句中能听出他对天子怀有巨大的仇恨。挫败他之后你先后遇到神秘美女貂蝉(她只强调自己的正派立场和对吕布的喜爱)、曹操手下、儿时亲近的长辈孙坚(此时与董卓一样癫狂，只知一路狂奔回江东)和误以为你伤了貂蝉的吕布。看起来十分正直的吕布也给出一些隐晦的忠告。 最终击败董卓后，你把他交给了曹操手下，回程路上一直思考着吕布忠告的含义和这么多奇怪的人聚集在兖州的背后意义。
徐州之战： 你没能休息多久就继续赶往徐州，天子说徐州似乎有人作乱，请你去调查。 你刚到徐州就与不知名的部队交战起来，后逼问出是刘备的部队。你正好奇堂堂刘皇叔怎么会做出这么反常的事时，你又碰上了一名神秘的术士，他暗示你与吕布之间的羁绊。在这之后你就又遇到了作战中的吕布，你很奇怪吕布为什么这么多管闲事，但还是打从心底里觉得他是一个极富正义感并且心系社稷的人。这时刘备增援的部队源源不断的赶来，吕布把方天画戟一横，让你快去直捣据点，击败守将张飞以逼退刘备军，而他将以一人之力抵挡刘备援军。被吕布豪气感染的你，没注意到侧翼陈登狡黠的目光，立刻奔往张飞大本营。 击败张飞之后，你得知刘备从司隶回来以后就一直很奇怪，时常发一些异常的命令，他怀疑曹操对刘备做了什么手脚。 听毕，你心中的疑问更多了，并且开始担心之前把董卓交给曹操的举动。回过神了，你突然想起可能仍在奋战的吕布。急忙回到相遇处时，你只看见满地的刘备军，和远去的的尘烟。你心想应该是吕布又去忙自己神秘的事业去了吧，便带着满心疑问开拔回营。
豫州之战： 这一次你无论如何都不愿相信天子密旨上写的东西，天子居然说儿时的玩伴袁绍是反贼，要你奉旨讨伐。 抱着查明真相的目的，你前往豫州。 在豫州你却遇到意外的攻击，原来豫州军怀疑你是曹操军。从之后遇到的曹操军口中得知，他们也是奉了天子旨意，前来讨伐豫州的。你要求他们给自己一个亲口质问袁绍的机会，被各种拒绝后，你只能杀出一条路，到达了袁绍的营地。没想到迎接你的不是好友间的问候，而是举起的刀剑。 好不容易让袁绍冷静下来后，你说明了整件事的来龙去脉，袁绍气愤地指责天子恩将仇报，并叫嚣着应由你替代天子坐上皇位。你呵斥着阻止了他，虽然自己也对天子开始有些怀疑，但无论如何你是不会让自己弟弟受伤的。 信任就是如此简单，又如此脆弱。
扬州之战： 你听说刘备军出现在了扬州，你担心他们对扬州有所企图，因此你决定前往扬州。此行你在心底还有另外一个打算：你想会一会饶富盛名的周瑜，如果传闻是真的，那么他应该是可靠的信息来源，你有太多疑问需要解开了。 此次遭遇的刘备军与之前不同，他们更像在护卫什么，而且对你并没有太多敌意。他们口中的军师正在与周瑜会谈，你很好奇这是不是孙刘联合的征兆。 途中你遇到了大乔——另一个红颜联合会会员，她带来了糟糕的消息：貂蝉在交州失去联络，吕布在徐州作战时被收下出卖，让曹操抓走了。 心烦意乱的你又遇到了刘备军口中的军师——诸葛亮，他隐隐指出你对天子抱有的信任过于盲目了，还告诉你刘备出现的问题，和孙坚的疯癫似乎是同一原因引起的，他会尽力阻止刘备的糟糕命令，其余的你应该问问周瑜。 周瑜并没有用好脸色欢迎你，因为你，作为天子的人，在孙权的势力范围是不受欢迎的。因为是天子对孙坚下了药，使他变成这样，而孙坚冒死带回的玉玺上，镌刻着夺魂药的配方。但由于孙权自保的策略，他只能暗中调查。他还告诉你，夺魂药其中一味原料只在交州出产，所以建议你去交州调查。
交州之战： 你被最近得到的各种消息搞的心神不宁，于是你希望到交州调查所谓夺魂药的原料，试图理清头绪。 刚进入交州地界不久，你就因眼前荒芜的景象怔住了，原野上只有一种紫色茎叶的植物生长茂盛，余下的皆是其它植物的残骸，寂静的听不到一点虫鸣鸟啼，看不见任何飞禽走兽，只有若干骨瘦如柴的人在紫色植物中佝偻着背耕作着。 这时你遇到了周瑜之前就派来的调查部队，他们告诉你发现了刘备军在此处安排种植、收集紫色植物，然后源源不断的输送出去。你忍不住把此事和天子联系起来。而之后从孙尚香口中证实了她的夫君刘备，的确是被天子控制了，而种植并转运这些夺魂药原料植物，也是天子对刘备下达的命令。她恳请你救救当地被这植物毒害的百姓，也救救她的父亲和夫君。 你答应下来，心里却对天子有说不出的感觉。只好先解决目前的问题。 途中有术士学院的人出面提醒：曹操也派了人在交州活动，目的未知，但是一定要小心提防。 最终你来到监督运输的赵云帐前，一番无法避免的较量过后，他终于能听进你说的话，你的话也印证了他自己的怀疑，于是他积极配合你解决夺魂药原料的问题。但不幸的是，他说已经有几批原料运往益州。
益州之战： 你马不停蹄地赶到了益州，截住了正在运输一批原料的马超，没想到他说自己运送的东西已经被曹操抢去了大半。一路追讨下来，你终于在张颌手中追讨下那批原料，刚松了口气，就听闻曹操之前就已经截了几批原料运了回去，而镇守益州的关羽处也囤积了不少原料等待运往别处。你只好先去阻止关羽。这时又出现了术士学院的神秘术士，他只提到了荆州和吕布。这二者让你没法联系起来，不过你决定还是在此事之后去荆州一探。而后你得知张飞和诸葛亮都由于劝阻刘备，而被刘备支开去了荆州，你觉得更应该去和他们谈谈。 当你打败关羽，好心规劝他后，关羽依旧是不肯做半点退让，他只认大哥刘备的命令，无论对错他都执行。 你没时间对关羽的固执感到惋惜，你的直觉告诉你荆州要发生大事，于是你立即起身前往。
荆州之战： 来到荆州，你远远就看见三军旗帜蔽天，久别的张飞特来向你说明情况：曹操不知从哪里弄到了夺魂药的配方，虽说工艺还未成熟，但他还是利用从刘备那里抢来的原料制作了一批能操纵士兵，使其无所畏惧的药剂，这批药剂将用在荆州的部队上。一旦曹操成功，广大将士甚至百姓，恐怕会在天子和曹操的夺魂药斗争中沦为行尸走肉。最大的试验场就在赤壁，你准备火速赶去。途中你看到孙权的部队和刘备的部队一同在对抗曹操，你觉得十分诧异，经过黄忠的说明，你才明白，实际上此处有4股势力在争斗，一是刘备直属部队，他们是天子命令来阻止曹操的;二是孙权直属部队，他们是由于孙权觉得江东受到了威胁，特地派来组织曹操的;三是诸葛亮、张飞、周瑜指挥的联军，他们是背着自己的主公，为了确保曹操试验失败而私自出兵的;四是曹操的半夺魂死士部队，也就是其中一半士兵已经被夺魂药影响，他们要保证试验继续下去。 你好不容易靠近赤壁后，却被周瑜、诸葛亮和貂蝉告知现在最大的敌人不是别人，而是吕布。貂蝉抽泣着说吕布被出卖后，被曹操当作了夺魂药的试验品，现在则是夺魂死士的统领，他已经不认识自己了。 你怀着对曹操的无尽怒火冲进了试验场，费劲全力与吕布缠斗，终于找到机会把吕布打晕。将不省人事的他带回貂蝉身边。在诸葛亮答应立即找华佗来医治吕布后，你一刻都没有停留，你要去司隶向天子讨个说法。
司隶之战： 当你来到司隶的那一瞬间，你就感觉到了强烈的不适，这里跟自己儿时记忆里的样子几乎没有一丝一毫的相同。 而且你看到了满城都是曹操的旗帜。你不清楚到底发生了什么，在击败几队莫名攻击你的曹操部队后，你得知曹操之前突然带兵进入司隶，但奇怪的是司隶的部队根本没有试着对抗他。接着曹操就只带了一小队心腹进入了皇宫，在这之后，连外围的曹操军都再也没见过他。发现不对的司马懿率队进入皇宫，却发现不仅是曹操和他的心腹小队不见了，连天子和紫虚上人领导的炼药术士都一同消失的无影无踪。司马懿为了安抚军心，在内部宣称曹操已经挟天子以令诸侯，曹操军在司隶就地休养生息。对外则积极摆出一切尽在掌握中的姿态，以迎外敌。 得知这一切后的你，心中闪过之前的无数疑问，你突然意识到，事情没这么简单，被劫持的不是天子，而应该是曹操。